靖难之役

朱允炆为皇太孙时，就感到诸叔父平时对他不太尊敬，即位后更怕他们不服，就与大臣齐泰、黄子澄等商量对策。建文帝采纳黄子澄的建议，仿效汉景帝平定“七国之乱”的手段，采取削藩政策。先削去几个力量较弱的亲王的爵位，将周王、岷王等废为庶人，将齐王囚于狱中，同时，在北平周围部署兵力，准备向力量最大的燕王朱棣下手。于是，皇族内部矛盾迅速激化。

而这时燕王朱棣也在加紧练兵，并布置各种假象迷惑麻痹建文帝。建文帝派人去察看他时，他佯装生病，盛夏时围着火炉还冷得瑟瑟发抖；平时走路也是一副弱不禁风的样子，要侍人搀扶，拄着拐杖才能行走，以欺骗建文帝的耳目。

建文帝认为一切都布置停当以后，便于建文元年六月，密令逮捕朱棣。但建文帝所派逮捕朱棣的北平都指挥使张信却投靠了朱棣，他把建文帝的通盘计划告诉了朱棣。朱元璋在世时怕群臣擅政，曾规定地方藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，因此，朱棣就援引这一规定，以“新天子即位，朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏入诛之”的所谓“祖训”作为起兵反抗的借口，以诛齐泰、黄子澄为名，誓师北平。他称自己的行动为“靖难”，即平定祸难。

朱棣起兵虽以“靖难”为名，但毕竟朱棣为臣，朱允炆为君。朱棣提“清君侧”，以恢复祖宗法度为口号，朱允炆完全可以指斥朱棣“称兵构乱，图危宗社。获罪天地祖宗，义不容赦”，并以此获得同情与支持。但这时的建文朝中央政权却异常虚弱，经过朱元璋的大肆杀戮功臣，此时的建文帝既无战功显赫的武将可调，亦无老谋深算的文臣可用。他所重用的齐泰、黄子澄、方孝孺等人，均是文弱书生，根本不懂军事，朱允炆本人也是优柔寡断。他们虽然高喊“削藩”，却没有做相应的军事部署。朱棣起兵后，建文帝只好仓促起用幸存的老将耿炳文为大将军，率军十三万伐燕，但为燕军所败。随后，建文帝又派纨绔子弟李景隆统率大军，结果，不到一年，李景隆就将几十万大军断送殆尽，而朱棣的军队却因此得以壮大。齐泰虽然谙熟边将姓名和图籍，但也只是一个纸上谈兵的书生，并没有实战经验。燕军进入南京后，正在外地的齐泰还想举兵兴复，但没有多少人响应。他为了躲避燕兵的追捕，竟愚笨到用墨染黑白马逃命，等到马出汗消退了黑色，这个兵部尚书就只有束手被擒了。

南京作为京师，有重兵驻守，经数十年的修建，城墙坚固。朱棣本以为攻打京师会有一场恶战，但没想到此时的南京城内早已乱作一团，建文帝周围的许多人见大势已去，便在暗中谋划向燕王投降。建文四年六月十三日，当燕王兵临城下时，李景隆打开南京城西北的金川门，迎接燕师入城。

当燕王来到皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝不知去向。人们从火中扒出一具尸体，但已无法辨认出他究竟是不是建文帝，同时，建文帝所使用的宝玺也一起消失。正史记载建文帝在宫中起火时自焚而死。登基后的朱棣在给朝鲜国王的诏书中说：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自焚。”但是，太监们在火后余烬中反复搜检，只找到皇后与太子朱文奎的遗骸，无法验证建文帝的生死。若建文已死，必定有陵，朱棣也曾做过祭奠的表面文章。但后人不知陵在何处，连明代皇帝也搞不清楚，明末崇祯帝就曾说过：“建文无陵，从何处祭？”

有传说在南京城破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信劝说下，剃掉长发，穿上僧衣，从地道逃出了皇宫，浪迹江湖。此后，在许多地方留下了他的传说和故事。有说建文帝逃到云贵地区，甚至辗转到南洋地区，直到现在，云南大理民间仍有人以建文帝为鼻祖。也有学者考证，当年建文帝出逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，后隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年病死于此，葬庵后小山坡上。

朱棣登位后，感到建文帝的存在对他的皇位是一种威胁，因此多次派心腹大臣四处查访。一个耐人寻味的事情是，朱棣曾派亲信胡濙，向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人重新造册登记，对僧人进行了一个总调查。从永乐五年起，胡濙以寻访仙人张邋遢为名四处出巡，足迹遍及大江南北，前后二十余年。永乐年间郑和下西洋的随行使团官员中，就有锦衣卫的人员，这显然有暗中察访建文帝的用意。至此，建文帝的最终下落一直成为历史之谜。野史与民间传说倾向于建文帝出逃说，反映了人们对建文帝及其所信奉的理想的同情。这些传说是人们在极权统治下对仁慈和正义的呼唤。

为了从历史上抹去建文朝，朱棣大规模地删改史书，废建文年号，将明太祖洪武年号延长四年，即从洪武三十二年延长至洪武三十五年。明太祖似乎回到人间重新执政了四年。建文年号迟至万历二十三年才被万历皇帝恢复。崇祯十七年南明福王朱由崧定建文帝的庙号为“惠宗”，谥号为“让皇帝”，以附会民间传说，即建文帝未死于宫中大火，而是逊位于其叔父。乾隆元年，乾隆皇帝封建文帝为“恭愍惠帝”，清代纂修的《明史》中即如此称呼。

经过四年的战争，朱棣于建文四年六月攻克南京。这场战争，历史上称为“靖难之役”。靖难之役后，朱棣于南京登上了帝位，年号“永乐”。