九域凡仙三千道门被灭了吗

没有。
在小说《九域凡仙》中，少年方尘意外获滑缺得仙缘，心中却只有一愿：愿以手中仙前宴剑，开万世太平，守护三千道门，因此，三千道门没有被灭。《九域凡仙》是作者道不易慧让银写的一部奇幻修仙小说。